순교자들의 무덤
해미성지 성전 건축의 기본 의미는 순교자들을 기념하기 위해 건립되는 것이기 때문에 순교로써 그분들의 영원한 안식, 편히 쉬고 계심을 나타내고자 했다. 또한, 생매장 구덩이 근처에 건립하기 때문에 구덩이를 상징하는 원형의 성전을 중심으로 하고, 게다가 많은 유해를 모시고 있어 신자들이 유해 참배를 할 수 있도록 유해 참배실을 곁에 건립하도록 했다.
대성당
생매장 구덩이를 상징하는 원형이며 또한 순교자들이 생매장을 당하시어 천국복락을 누리시게 됨을 나타내기 위해, 편히 쉼의 가장 좋은 장소를 나타내기 위해 고가 형태의 내부 디자인을 하였다. 제대 뒷벽은 불에 구운 도자기 조각으로 모자이크를 하여 수 많은 무명 순교자들을 나타내고 있다. (소성당도 마찬가지)
소성당
대성당을 축소한 형태이다. 하지만 소성당은 현실을 살고 있는 우리들이 주님을 바라보며 순교자들을 본받아 기쁨의 삶을 살아가도록 천정의 십자가와 함께 밝은 톤의 문창살로 벽을 꾸며 환한 집 안을 나타내고 있다.
팔각의 탑
이는 종탑이 아니다. 세상 끝날까지 교회와 함께 하시면서 지켜주고 계시는 주님, 진복팔단을 말씀하신 주님을 상징하는 팔각 모양의 탑으로 파수대를 표현하고 있는 것이다. 이는 교회를 상징하는 대성전과 다리(브리지)로 연결되어 있다. (주님은 우리 교회를 지켜주시는 파수꾼!)
유해 참배실
발굴된 유해가 상홍리 공소 쪽에 모셔져 있다가 다시 본래의 장소인 생매장 터로 모실 때 김종수 주교의 의견으로 진토된 유해는 순교탑 앞에 모시고 아직 완전히 부식되지 않은 치아와 유골은 눈으로 직접 뵙고 참배할 수 있도록 투명한 아크릴로 진공 포장해서 따로 모셨다. 이 유해들을 왕릉의 형태를 본 따 떼를 입힌 봉분 형태로 지붕을 만들고 그 안에 모셨다. 말하자면 묘지인 셈이다. 신자들이 들어가 유해참배를 하면서 많은 은혜를 받도록 하기 위해 안 쪽에 유해를 모신 유해참배실을 만들었는데, 그 공간 밖은 생매장 순교를 이해 할 수 있는 약간의 그림 등 소품들로 꾸며져 있다. (이는 전시관이 아닌 것이다.)
종합
전체적으로 성전 동은 12사도를 기초 삼아 교회가 세워졌듯이 12기둥에 새겨진 은인들의 힘으로 이 성전이 세워졌음을 나타내고 있으며 이 교회를 주님께서 언제나 함께 하시면서 지켜주고 계심을 과거와 현재와 미래를 통해 나타내고 있다.